線幅を確保するためなどで同配線を両面に作図すると 先に作成した層の配線が消えてしまう状況について、

いただきました内容からの判断となりますが

おそらく、配線の「ループ設定」を『許可しない』に設定されているかと思います。

上記の場合、ループ配線となった際に 自動的に配線が削除される動作となります。

配線の「ループ設定」を『許可する』に設定していただきますと両面でのループ配線が可能となりますので

配線モード中に画面左「プロパティ」ウィンドウにて「ループ設定」を変更してくださいませ。

◆ループ設定

https://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/post-44

お手数ではございますが、上記についてご確認いただき 一度お試しいただけますと幸いです。

どうぞよろしくお願いいたします。