ご要望いただきありがとうございます。
1.2.のご要望につきましては、開発とも協議させて頂き
今後、対応していけますよう検討してまいります。

3.につきましては現時点ではYOSHIKAWA様のおっしゃる履歴データとは違うかもしれませんが、
任意の時点で別名保存したデータを対象として
上部メニュー【プロジェクト】>>【差分比較】から
保存されております同種類（回路図同士、PCB同士）データの差分比較も可能となっております。

方法としましては、
 1. 対象データを編集した後、「プロジェクト」を【右クリック】>>【プロジェクト別名保存】にて
     編集後データ（新データ）を別名にて保存します。
 2. プロジェクトウィンドウの【開く】から編集前データ（旧データ）を開きます。
 3. プロジェクトウィンドウにて新旧プロジェクトが表示されている状態にて上部メニュー【プロジェクト】>>【差分比較】を開きます。
 4. 開かれた「差分比較対象を選択」ウィンドウにて、「対象プロジェクト」を選択し
     回路図の場合は『Circuit』を、PCBの場合は『（比較対象のデータ）』を選択し、【OK】を選択してください。
※PCBの場合は同プロジェクト内にある別PCBシートとも差分比較できます。

新旧データ差分比較についきましては、オンラインマニュアルにも記載がございますので、ご参照頂けますと幸いです。
■新旧データ差分比較について
http://4cept.com/ja/manual/pcb/post-95

貴重なご意見ありがとうございました。
以上よろしくお願いいたします。

こちらのイメージを補足説明します。
1,2に関してはGit や Mercurial のような履歴管理ができることが望ましいと考えます。
　コミットするたびに履歴データが保存されていくイメージです。
3に関しては、まさにその機能をバージョン管理された旧データをも対象にしてくれるという
イメージでおります。
ご検討をお願いします。

イメージを補足いただき、ありがとうございます。
いただきましたご意見も参考に
機能追加していけますよう検討してまいります。