お問い合わせいただきありがとうございます。

ディレクトリがまとまってしまっているとの状況ですが
下図のオプション状態、「ディレクトリをインポートする」をチェックOFF、「同じIDは上書き保存する」を
チェックONでインポートしていると考えられます。

「同じIDは上書き保存する」
チェックOFF　→　オブジェクトの上書きは行わない。
チェックON  →　オブジェクトの上書きを行う（ディレクトリとデータの変更を行います）

となっておりますので
下図の設定ですと、「qcomオブジェクトを選択しているディレクトリに全てまとめて上書きインポートする」動作となります。
（※未選択の場合は一番上位のディレクトリにインポートする動きになっておりますので、こちらは修正させて頂きます。）

復帰手順ですが、qcomのデータをそのまま上書きして良い場合は
「ディレクトリをインポートする」、「同じIDは上書き保存する」共にチェックONで再度インポートして頂ければ
復帰可能ですのでお試し頂ければと思います！

qcomのデータをそのまま上書きすることに問題がある場合は
少しお時間を頂きますが、ディレクトリのみの復帰処理が可能か検証させて頂きますので
別途メールでデータを頂きの対応とさせて頂きたいと思いますので下記までご連絡頂けますでしょうか？
メール送付先：support@4cept.com





以上一度お試しいただけますと幸いです。

ご説明いただいた内容はqcomファイルのインポートに関してのようですが、今問題にしているのは出力した側のマシンで起こったことです。
出力する際にオプション指定でまとめる、まとめないを選択できるようだということは理解できますが、出力した側のフォルダが振り分けに影響があったわけですので、復帰するためには過去にセーブしたデータを呼び戻すような技が必要なのではないかと考えていました。
これは私の思い過ごしでしょうか？
それとも出力したqcomファイルには過去のフォルダ情報が残っているのでしょうか？

出力したqcomには元にフォルダ情報が残っているのですね。
読み込み直したところ復帰できました。
この、「出力でフォルダをまとめたら、元の構成も合わせて調整してしまう」というのは仕様でしょうか？
その必要性がうまく想像できません。
いずれにせよ、迅速なご対応にはいつも感謝しています。ありがとうございました。

データが復帰したとのこと安心いたしました！
考えられる状況としですが、次の操作を行ってしまったのではないかと考えておりました。

 1.qcom出力後に、出力したqcomを確認するのに間違えて
　　上の図のオプション設定でインポートしてしまった。
 2.qcom出力を行う操作で、画面が似ているため間違えてインポート処理を
　　行ってしまった。

これらの場合、yuki様のおっしゃる状況が発生いたします。
1.の操作では、qcom内に正しいディレクトリ情報が入っていますが
上の図のオプション設定でインポートを行ったそれぞれのPCで現象が発生します。
2.の状況の場合は古いデータで上書きしている可能性もありますので
古いqcomを間違えて読み込んでいないかを念の為ご確認いただけますと幸いです。

＞この、「出力でフォルダをまとめたら、元の構成も合わせて調整してしまう」というのは仕様でしょうか？

この点に関しましては、
qcom入力のオプションにフォルダをまとめる機能はご用意しておりますが
qcom出力ではデータは一切変更しないよう設計しております。

先ほど一連の操作を確認させていただきましたが、qcom入力/出力、ともに問題なく動作しておりました。
もし、またもう一度何かの手順で同様の現象が発生しました場合
その状況と再現手順を可能な限りでかまいませんので、お教えくださいませ。

また、嬉しいお言葉をいただき、ありがとうございます！
これからも、安心して快適に作業していただけますよう全力を尽くしてまいりますので
どうぞよろしくお願いいたします。

ご指摘いただいた原因となる可能性について心当たりがなかったので何度か時間を置いて再現しないか確認しましたが
それっきり問題は発生していません。
何か思い出せたら報告させていただくことにしてこの件に関してはクローズさせていただくことにします。
ありがとうございました。