お問い合わせいただきありがとうございます。

入力ピン同士の接続についてですが、YOSHIKAWA様のおっしゃるような場合以外にも
様々な状況が起こり得ると考えられます。
このERC設定につきましては、回路図検証の上で接続状態を確認することが目的ですので
設計者が問題ない接続であることを確認していただけましたら、【各種設定】>>【環境設定】の【Project.Circuit】>>【ピン接続マトリックス】にて
ERC設定のエラー対象から外していただいても問題ありません。

ERCのエラー対象から外すと、他のピンについても検証の対象から外れることになります。

入力ピン同士の接続についてERCの対象から外したくはない場合
ERCの内容を確認して、設計者が問題ないと認識しているのであれば
対象のピンについての「警告」もしくは「エラー」は無視していただいても問題ありません。
※ネットリストの出力には影響ありません。

もしくは、対象のピンの電気特性を「入力ピン」から「未定義ピン」に変更していただくことで
ERCの接続ピン電気特性違反を回避することができます。

お手数をおかけいたしますが、以上の方法にて
一度お試しいただけますと幸いです。

出力ピン－入力ピン－入力ピンでも同じエラーが発生します。この場合は自動的に回避してくれてもよいと思います。
これはごく一般的な接続だからです。
また表題の入力ピン－入力ピン－電源ピンの場合もこれと同様かと考えます。
要するに接続先の中に一つでも低インピーダンスのソース（出力、電源）があれば、入力ピン－入力ピンがあっても
問題ないと思うのですが。
こういった例外事項を設定できるマトリックスを検討いただけないでしょうか？
あるいはマトリックスでなく、単純に入力ピン－入力ピンのエラーの定義を変更するとかでもよいと思います。

YOSHIKAWA様のおっしゃるように、ピンの接続は多くのピン同士で多様なパターンが考えられますね。
社内でも以前から議題に上がっておりましたので
今回のような場合も含め、ピン接続のERCについて
開発とも協議させていただき、改善していきますよう進めていきたいと思います。

貴重なご意見をいただきありがとうございます！

私の方でも現在、出力ピン－入力ピン－入力ピンの接続ピン電気特性違反となって困っています。