フットプリント（部品）と配線（パターン）が重なっている所の配線が選択できないと言うことだと思いますが
【同一座標の別オブジェクト選択】機能を使うと選択できるようになります。
webマニュアル：https://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/post-83
　
操作方法：
1：オブジェクト同士（ここではフットプリントと配線）が重なっているところをクリック（必ず重なっている位置）
2：ショートカットキー【H】を数回押すと目的のオブジェクトが選択状態になります。
3：【DELETE】キーを押して削除します。
　
念のため操作方法の動画もアップしておきますので、分からない場合はご覧下さい。
（動画は2：の操作の時にマウスを右クリックしてプルダウンメニューを表示させる方法になっていますが
　ショートカットキーを押せばプルダウンメニューを表示させる必要は有りません。）
　
そのほかとしてはフットプリントを一時移動してから配線を削除する方法もあります。

ありがとうございます。