お問い合わせいただきありがとうございます。

ＲＥＦＥＲＥＮＣＥ更新についてですが下記方法にて各シートごとの更新を行うことができます。

■シート単位でのＲＥＦＥＲＥＮＣＥ更新方法
 1. ＲＥＦＥＲＥＮＣＥ更新したいシートを開いた状態で上部メニュー【プロジェクト】>>【Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ更新】を選択
 2. 『Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ更新』ウィンドウが開きますので
　　「更新対象」にプルダウンメニューより【シート】を選択し、「開始番号」を【100】と設定してます。
　　参考画像を添付いたしますのでご参照くださいませ。


 3. 「更新方向」を任意に設定しましたら【ＯＫ】で実行してください。
 ※ プロジェクト内にＰＣＢがある場合は「更新をＰＣＢにも反映させますか？」と聞かれますので
　　「はい」「いいえ」を選んでください。

今回であれば、上記の操作を各シートで（シート1では開始番号100、シート2では開始番号200、シート3では開始番号300）
実行していただくことで、それぞれ各シートで左1桁はシート番号、右2桁は00から始めていただけるかと思います。
お手数ですが一度お試し頂けますと幸いです。

すでにyuki様が上記操作をされておりましたら、申し訳ございません。
yuki様のおっしゃるように各シートごとにスタート番号を決めて更新を実行したにもかかわらず
シート2が右2桁のみシート1の続きになる現象について、社内では再現することができませんでした。
現象の原因を調査したいと思いますので
お忙しいところ恐縮なのですが、今回の現象発生についてもう少し詳しい操作手順をお教えいただき
もし可能であるならば、現象の発生したプロジェクトデータをいただけませんでしょうか？

以上お手数をおかけいたしますが、どうぞよろしくお願いいたします。

ご案内いただいた手順でうまくいくのですが、途中である失敗をすると再現するようです。
再現させる方法は以下のとおりです：

１．「プロジェクト」指定でスタート番号１からを実行し、一旦クリアします。
２．「シート」指定でスタート番号１００からページ１を処理します。
３．次のページで確実に「シート」指定して実行すればうまくいくのですが、指定欄が「プロジェクト」に戻ってしまうので誤ってスタート番号だけを200と変更して実行すると報告したような結果となります。
４．ここで間違えたのに気付き、「シート」に指定を変更して再実行してもreferenceは変化しません。<<<- これが問題点です。

再度１．から実行し直せばうまくいくことは確認しましたが、４．の状態にはまってしまったため質問させていただいた次第です。

ご連絡いただきありがとうございます。
yuki様のおっしゃる手順にて現象の再現を確認いたしました。

この場合、手順3にて更新対象「プロジェクト」で開始番号「200」のＲｅｆｅｒｅｎｃｅ更新が行われているため
200からのReference番号はシート1から使用されており、その続きでシート2のＲｅｆｅｒｅｎｃｅも更新されております。

そのため、手順4にてシート2を更新対象「シート」で開始番号「200」で改めてReference更新を行っても
シート1で例えば「U200～U205」が使用されていますので、シート2は使用されていない200番台の最小値「U206」からのスタートとなり
結果として、Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅが変化していないように見えておりました。

現在の動作はＲｅｆｅｒｅｎｃｅ更新の仕様動作となっております。
このような場合、yuki様のおっしゃるように
先にお伝えいたしました「シート単位でのＲｅｆｅｒｅｎｃｅ更新」を手順1より実行していただくことで
目的のＲｅｆｅｒｅｎｃｅ更新を行うことができますので、
こちらでご対応いただけますよう、よろしくお願いいたします。
分かりやすく詳しい内容をお教えいただきましてありがとうございました。

以上よろしくお願いいたします。

だいたい呑み込めました。
できればプロジェクト/シートの指定を毎回プロジェクトに戻さないで前回値を保持するようにしてはいただけませんでしょうか。
10ページ超えの処理中後半にシート選択を忘れて１からまたやり直し、はちょっと避けたい状況ではあります。

たしかに多ページに渡ったシートの場合、
もし選択を忘れてしまった時の手間は心配ですね。
Reference更新において対象範囲の選択を保持するよう
開発とも協議して前向きに検討していきたいと思います！

いつも貴重なご意見をいただき、ありがとうございます。