お問い合わせいただきありがとうございます。

申し訳ございません、穴サイズ0mmでのスルーホールパッドの作成は
保存できない仕様となっております。

部品をマウンタで自動実装する目印としてマーカを配置するには
「フットプリント」作成にて『SMD』パットを部品面・半田面に配置した
フットプリントを登録することでご対応いただくことができます。
手順を下記に記載いたします。
1. 【新規作成】>>【フットプリント】にて【作図】>>【パッド】より任意の形状サイズの
　 『パッド（SMD）』を作成し「部品面」「半田面」に配置してフットプリントとして保存します。
2. PCB画面にて作成した「フットプリント」を目印としたい場所へと配置します。
3. 配置後に範囲選択にて対象のフットプリントを選択状態にしてキーボード「A」を押下し
　 「フットプリント」属性ウィンドウを開いてください。
　 （対象をダブルクリックした場合、「パッドスタック」として属性が開きます）
4. DRC/MRCの対応として
　 『タイプ』を【テストピン】　『Reference』の【チェックを外し、非表示】
　 『非実装部品に指定』の【チェックボックスにチェックを入れる】
　 『シルクを表示する』の【チェックを外して非表示】に設定してください。


以上の方法で配置していただくことで
1つのフットプリントを配置することで部品面・半田面への自動実装するための目印とすることができます。
いちどお試しいただけますと幸いです。

回答、ありがとうございます。
ご指定の作業をしようとしたところ、不具合がありましたので再度質問させて頂きます。

1. 【新規作成】>>【フットプリント】にて【作図】>>【パッド】より任意の形状サイズの
　 『パッド（SMD）』を作成し「部品面」「半田面」に配置してフットプリントとして保存します。

ということですが、SMDパッドを作成する画面では、Topレイヤしか情報を入力できません。
まずはTopレイヤ、Bottomレイヤに同じSMDパッドを配置する方法を教えて頂きたいと考えております。

よろしくお願い致します。

ご連絡いただきありがとうございます。

私の説明がわかりにくく申し訳ございません。
ご指摘の通りSMDパッドの作成はTopレイヤの情報のみの入力となっております。
今回のように、部品面・半田面の同じ場所にSMDパッドを持つフットプリントを作成するには
SMDパッドを2つ用意し、部品面・半田面に配置して、ひとつのフットプリントとして保存していただくことになります。  

ひとつは部品面に、もうひとつは反転させていただき、半田面に配置して
同じ位置になるよう揃えていただくことになります。
反転は対象を選択状態で、プロパティから変更いただくか、ショートカット【M】で実行することができます。
下図ご参照くださいませ。    


以上お手数をおかけいたしますがお試しいただけますと幸いです。
よろしくお願いいたします。  

ご回答ありがとうございます。

ご指示どおりの方法でマーカーの配置が出来ました。
ありがとうございました。