お手数をおかけしており申し訳ございません。

ご指摘いただいております動作については弊社でも認識している現象となっております。

先日のバージョンアップにてアノテーション動作を改善しており、その際に現在の仕様となっているのですが

今回のように部品は差分を解消せず、ネットは差分を転送するという状況を考慮できていなかったため、

現状の現象が発生しておりました。 

この動作について修正を実施させていただきますので もう少しお時間いただきたくお願い申し上げます。

それまでの間、現在の状態からの回避策となりますが、該当の部品（フットプリント）の座標をメモなどしておいていただき

一旦削除した後、改めて配置してくださいませ。

※仮にネットの変更のみが変更点でありましたら、回路図側で【ネット出力】していただき、

　 PCBにて【ネット入力】していただくことでも対応可能の場合があります。（ネットリストはPads形式を使います）

  

お手数をおかけしてしまい申し訳ございません。

必ずより使い易い機能へと成長させてまいりますので何卒ご理解ご容赦くださいますようお願いいたします。

ご指摘いただきありがとうございます！