ご要望いただきありがとうございます。

１．プロジェクト数が３ケタを超えるようになると同一階層上に全てを開いた状態にしておくのは現実的でなく幾つかは解除して置かなければなりませんが、複数ある中から特定の顧客の（特に他人が作成した）プロジェクトを探し出すのはかなりの労力を要します。（存在するのかどうかも判断できない。）
２．データリリースの都度プロジェクトはバックアップしますが、これらを同一フォルダにまとめておけたらどれだけ楽か、と毎回思いながら作業してます。これらは別プロジェクトではなく、同一プロジェクトとして扱われる必要があります。
３．回路図は量産時の部品搭載/非搭載指示や部品変更等で幾度か加筆修正され続けます。これらも一つのフォルダ内で時系列に管理できないと、抜け漏れや勘違いの原因となりかねません。
回路図、PCBデータ以外のファイルとの共存までは特に望みません。それらは何処の会社様でもすでに構築があろうかと思いますので。ただ、プロジェクトウインドウではあれこれ解除しなくても全体を簡単に俯瞰できるようにしていただければと願っています。
よろしくお願いします。

ご連絡いただきありがとうございます。

例えばプロジェクトウインドウはその"ビュー"を切り替えることができるようにしたらいかがでしょうか。
一方では"階層ツリー"をその"ビュー”上で辿れるようにし、各単位設計(プロジェクト)のアクティブ、インアクティブをチェックボックスで切り替えられるようにします。
もう一方の"ビュー”では現在アクティブになっているプロジェクトの一覧を表示する（現在のプロジェクトウインドウとほぼ同じ)。
これであればいちいち[開く]操作で呼び出す必要がなくなり、フォルダの管理、参照が容易になります。あくまでも個人的な希望ですが、ご検討いただければ幸いです。

ご連絡いただきありがとうございます。