この場合、複数のプリント基板でReference番号が被る状況が発生します。

部品表出力OFF, 機構部品に設定していてもReference番号が被ると部品表出力時にエラーが出ております。

これを避けるためには都度プリント基板としてコンポーネントを作成するしかないでしょうか？

個人的には部品表出力OFFもしくは機構部品設定している場合、Referenceが重複していようが無視してもらえると有り難いのですが。。。