返信が遅くなっており申し訳ございません。

その場合、1.同様に内部をカットアウトされているデータをパッドに登録する機能はサポートしておりませんので

パッドとしてではなく、『塗り図形』でレジスト抜きする任意の形状を「作業層：Top」「層種類：Electric」として作成した後、

その形状の中央部（レジストを入れ込む形状）を【カットアウト】にてくり抜き、形状を作成します。

※【カットアウト】はベタ（Electric）データにのみ有効となっております。

この方法にて、中央部にレジストを入れ込むデータが作成されます。

 3. 推奨されている５個のビアをフットプリント作成時に組み込めるか

フットプリント作成時にビアを組み込むことは可能です。

フットプリント作成の時に配置することができますのは「ビア」ではなく【パッド】での対応となりますので、

タイプを「Through」としていただき、スタック設定“Top”“Inner”“Bottom”の層形状を必要なら任意で設定し、

必要ない場合は『なし』として配置してくださいませ。

※ピン番号は他と区別がつくよう「P1」などにしておくと良いかと思います。
※部品登録した後は「ピン」タブの『電気特性』にて【未使用ピン】としておくと、アサインエラーを回避できます。
※PCBシート上に配置後は、必要に応じて【ネット追加】してくださいませ。
 ネット追加について
https://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/post-33
※ビア（パッド）と配置先が同ネットを持っていない場合、【DRC】の「クリアランス」でエラーが発生します。
　 確認していただき、「DRC結果」の『対応状況』を【承認済み】にしてご対応くださいませ。
エラーの修正（承認済み）について
https://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/post-23


今回の場合、いただきました添付資料によるとセンターのパッドが、両サイド（上下）にランドも分かれているようですので

これを2パッドで作成し、シンボルも4ピンで作成してご活用いただくのが分かり易いかと思います。
フットプリントのサンプルを作成しましたので、こちらもご参照していただけますと幸いです。

以上お手数をおかけいたしますが、一度お試しいただけますと幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。