また、画像もお送りいただきありがとうございます。

画像からの判断となりますが、結線を掴んで移動する際に

結線の中央に表示されている構成点（緑の点）をドラッグで掴んでいるかと思います。

こちらは結線の中央に表示されており、Guideにのっていない状態です。

そのため、この状態の構成点（緑の点）を掴むとマウスはGuideにのる動作を行いますので

近傍のGuideにのり、結果として繋がっているご指摘の結線が同じ距離だけ上に押し上げられて

Guideのない位置へと移動してしまっている状況かと思います。

結線を掴む際にGuideにのっていない構成点（緑の点）ではなく、

Guideの位置辺りをドラッグで掴んでいただくと対象の結線がズレることなく移動できるかと思います。

（構成点でなくともドラッグで掴む際には近傍のGuide位置を掴みます。）

お手数ではございますが、上記ご確認いただき一度お試しいただけますと幸いです。

どうぞよろしくお願いいたします。

ありがとうございました。