お問い合わせいただきありがとうございます。

フットプリント作成時点でのカットアウト配置についてですが、カットアウトは
“ベタ”及び“Electric層の塗り図形”がある領域に対して
配置できるオブジェクトになりますので、何も配置されていない状態ですと
“カットアウト”オブジェクトを設定しておくことはできない仕様となっております。

フットプリントに①②のような都合がある場合、pcb-design様のおっしゃるように
【禁止領域】を設定していただくことになります。
この場合、お試しいただいた時のようにパターンが含まれているとエラーが出るのであれば
【禁止領域】の「許可ネット」に該当のネットを設定していただくか、
（↑この場合は同ネットを持つベタは禁止領域内に入ってきます。）
■禁止領域について
https://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/post-89

禁止領域としてベタの侵入を禁止し、【DRC】の結果にてエラー内容を確認し『対応状況』を
【承認済み】にすることでご対応いただけますと幸いです。
■PCB検証（エラー修正）について
https://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/post-23

お手数をおかけして恐縮ですが、一度お試しいただけますと幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。

ご連絡いただきありがとうございます。
現状のQuadcept では先述の2種類での対応となっており、
pcb-design様のご希望に沿うような回答をお伝えすることができず申し訳ございません。
たしかにおっしゃるようにDRCエラー結果が数百点などになった場合、
多くの労力を割いていただく事になると思いますので、開発とも協議させていただき今後の対応を検討してまいたいと思います。
ベタの処理に大きく影響する部分でもありますので、お時間いただくことになるかと思いますが
何卒ご理解ご容赦いただけますようどうぞよろしくお願い申し上げます。