お問い合わせいただきありがとうございます。

露出（放熱）パッドへのビアの配置ですが、これは【オンラインDRC】をOFFにした状態であれば配置が可能となります。
※オンラインDRCについて
https://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/drc-2
こちらの方法で配置していただけますが、【MRC】の『パッドオンビア』の違反となりますので、こちらの除外設定などが必要となります。
※パッドオンビアについて
https://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/mrc
https://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/post-113

yuki様のおっしゃるように、フットプリント作成時にあらかじめ放熱ビアを配置する方法としましては
フットプリント作成の時に該当のパッド内に「ビア」ではなく【パッド】を、
“Top”“Inner”“Bottom”のElectric（ランド）層の形状を『なし』として配置してくださいませ。
※ピン番号は他と区別がつくよう「P1」などにしておくと良いかと思います。
※部品登録した後は「ピン」タブの『電気特性』にて【未使用ピン】としておくと、アサインエラーを回避できます。
PCBシート上に配置後は、必要に応じて【ネット追加】してくださいませ。
※ネット追加について
https://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/post-33
※露出パッドと放熱ビア（パッド）は同ネットを持っていない場合、【DRC】の「クリアランス」でエラーが発生します。
　 確認していただき、「DRC結果」の『対応状況』を【承認済み】にしてご対応くださいませ。
※エラーの修正（承認済み）について
https://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/post-23

以上お手数をおかけいたしますが、一度お試しいただけますと幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。

うまくできました。ありがとうございました。