お問い合わせいただきありがとうございます。
いただきましたご質問について下記にて回答を記載してまいります。

＞PinNameの位置
ポートを新規作成した時に配置したPinNameの位置と、そのポートを回路図に配置した時のPinName（ポート名）の位置が
異なっているという件について、弊社でも確認いたしました。
新規作成時に属性文字の原点位置が中央ではなく、上下に設定されている場合
ポート配置時に自動で中央段に設定されてしまうため、現象が発生しているものと思われます。
ご迷惑をおかけして申し訳ございません。
こちら修正してまいりますので、今しばらくお時間くださいませ。
現状では回避策となりますが、ポート作成時に属性文字の原点位置を中央段にて設定し作成していただけますようお願い申し上げます。

＞IOタイプの設定
IOタイプのポート自身へのデフォルト設定といのは、ポート作成時にIOタイプを設定したいということでしょうか。
現状では、ポート作成時にこちらの設定を行うことはできない状況となっておりますが
回路図への配置を行う際に【回路図作成】→【ポート】で『ポート配置』ダイアログを開き、このダイアログ内で
各ポートに対してIOタイプを設定しておくことで、次回同じポートを選択lする際には
同様のIOタイプにて設定された状態とすることが可能です。こちらの機能でご対応いただけますと幸いです。

＞ポートアドレスの書式をカスタママイズ
ポートアドレスの表示については、他のユーザー様からも様々なご要望ご意見をいただいており
社内でも議題に上がっております。開発とも協議させていただき、今後の検討課題としてまいりたいと思います。
現状では、カスタマイズすることはできませんが、より良い機能へと成長させてまいりますので
今しばらくお時間いただきますこと、どうぞよろしくお願いいたします。

以上取り急ぎではございますが、ご連絡とさせていただきます。
どうぞよろしくお願いいたします。

お待たせいたしました！
ご指摘いただいておりましたポート位置の調整について動作修正いたしました。
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リリース日：2014/09/27
バージョン：v7.1.2
概　　　 要： ポート配置時の属性文字の位置を調整しました。
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ぜひ一度お試しくださいませ。
ありがとうございました。

ややことなりますね。こちらではPinNameの原点を右下にしています。配置後は、中央揃えに変わります。
また原点自身も図の様に接続点にいるのですが、ポートの中央になる様です。
はっきり言ってポート名は使わず、ネットラベルと同じにして、アドレスだけほしいみたいな感じななのです。
どうも同期してくれるようなので、ポート名を非表示にしていれば、実はOKですのである意味
「PinNameの位置」は問題ありません。

ご連絡いただきありがとうございます。

現状の動作としては、原点位置の上下はそのままに左右を中央揃えをデフォルトに
オブジェクトの中央位置に持ってくるという仕様になっておりました。
今回YOSHIKAWA様のご指摘のように、矢印型のポートの場合など
現状の動作ではたしかにラインと文字が重なるなど問題もあると思いますので
再度どのような動作がよいか検討してまいりたいと思います。

貴重なご意見をいただきありがとうございます。
どうぞよろしくお願いいたします。