お問い合わせいただきありがとうございます。

フットプリント作成時に追加したカスタム層についてですが
基板上に部品として呼び出した際に、その基板の層設定として
該当のカスタム層が存在していなければ、参照することができません。

基板の層設定として、フットプリント作成時に追加したカスタム層と同様の層を追加していただくことで
基板設計の中でもカスタム層を参照していただくことが可能となります。
以上お手数ですが、一度お試しいただけますと幸いです。

どうぞよろしくお願いいたします。