お問い合わせいただきありがとうございます。

フィデューシャルマークのピン番号ですが、QDUS001様のおっしゃるように端子として使用するわけではないので
ピン番号はついていなくても問題はございません。

しかしながら、部品編集のピン一覧において“ピン番号なし”の空欄状態ですと、保存する際に
「二重に登録されているピン番号が存在します。修正してからやり直してください。」
というエラーメッセージが表示され、保存することができないかと思います。
（また、通常のフットプリント作成時においては、ピン番号のないパッドがあると保存できない仕様となっております。）

今回、QDUS001様の場合、部品作成の「ピン」タブ（ピン一覧）において、ピン番号を削除した状態で保存することができたということでしょうか。
お問い合わせいただいているところ恐縮ですが、どのような状態であるのか、もう少し詳しくご教授いただけますと幸いです。
以上取り急ぎではございますが、ご連絡とさせていただきます。
どうぞよろしくお願いいたします。

上記部品編集で別名保存をしようとすると



と、でましたので、上記メッセージは一旦キャンセルして
FD1とFD2をピン一覧の削除ボタンで削除して別名保存しました。
特に問題なく保存できましたが・・・

「ピン番号」を削除したのではなく、“ピンそのもの”を削除したのですね。
承知いたしました。その場合、保存することは可能です。また、運用上の問題は特にございません。

また、上記の「未設定のアサインがあります。このまま続けますか？」のメッセージであれば
【OK】していただいても、そのまま保存を行うことも可能です。
今回のように実際には使用しない“FD1”“FD2”のピンであれば、ピン一覧の『電気特性』設定を【未使用ピン】にすると
未設定アサインのメッセージも出さずに保存することも可能です。

以上お手数ではございますが、一度お試しいただけますと幸いです。
※ピンのアサイン設定についてはこちらもご参照くださいませ。
https://www.quadcept.com/ja/manual/common/step5

ご回答ありがとうございました！