フットプリント作成において、SMDのパッドをTopとBottomに作成する場合、

おっしゃれるように作業層を変更して配置すれば、Top,Bottomに配置することは可能となっております。

＞2,4 3,5ピンのパッドが重なり合い、うまく作成できません。

というのは、どのような内容を指しておりますでしょうか。

Top,Bottomの同一座標に配置できないということでしょうか。

もしくは、Top,Bottomの同一座標に配置したので選択が作業層のパッドとなり別層が選択できないということでしょうか。

選択がうまくできないという意味の場合、【同一座標の別オブジェクト選択】で選択対象を切り替えることが可能です。

◆同一座標の別オブジェクト選択

また、層の表示を切り替えることでも作業しやすくなるかと思いますのでお試しいただけますと幸いです。

◆層ウィンドウ（層表示）

https://www.quadcept.com/ja/manual/common/post-8

※「層」ウィンドウは初期設定では画面右側にあるサブウィドウを切り替えて活用します。

　初期は「プロジェクト」ウィンドウとして動作しております。

ご質問の意図と異なっておりましたら申し訳ございません。

その場合、どのような状態で何に困っているのか、もう少し詳しくご教授くださいませ。

以上どうぞよろしくお願いいたします。

ご教示いただきました内容で解決しました。