【アノテーション（フォアードアノテーション）】は回路図上のオブジェクト情報を

PCB上のオブジェクトに反映させる動作となっておりますので、

差分をであるフットプリントを部品へと交換する動作の中でPCB上のフットプリント形状を維持することは不可となります。

今回であれば、対象のReferenceを持つ部品について、回路図上ではフットプリントも登録された部品で配置されており、

PCB上にはフットプリントとして配置されている状態かと思います。

そのため、回路図上で対象のReference部品に登録されているフットプリント形状が

PCB上のフットプリントを部品に交換するとともに配置されることになります。

【アノテーション】や【部品交換】【フットプリント交換】などは

データベースやライブラリキャッシュ内のオブジェクト情報をシート上のオブジェクト情報に反映させる動作となります。

もし仮にこれらの動作の中でPCB上で編集したフットプリント形状を維持する方法としましては、

編集したフットプリント形状を選択状態で【右クリック】→【選択フットプリント/部品を抽出】にて

データベース内などに編集されたフットプリント形状を保存し、

この保存された編集済みフットプリント形状を部品などに登録するフットプリントとして採用し

更新や反映を行うことで可能ではありますが、大本のデータが編集されたフットプリント形状となります。

大本となるデータがPCB上で編集されたものでも問題なければ、こちらの対応もご検討くださいませ。

　しかしながら、シルク編集やパッドカットなどの編集は設計状況によるかと思いますので、

　大本のデータとて編集した形状を登録することは弊社では推奨しておりません状況です。）

どうぞよろしくお願いいたします。

ご回答ありがとうございました。