お問い合わせいただきありがとうございます。
回答が大変遅くなっており申し訳ございません。

DXF出力を実施するにあたり、各層間毎のVIAを分けて別々に出力する機能はサポートしておりませんのが現状です。
VIAやPadなどのドリルに対しての情報については『NCドリル表j』を出力することで
「貫通層」や「形状」「サイズ」「メッキのあり・なし」などを見ることができますので、こちらでご確認いただけますと幸いです。
■NCドリル表について
http://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/nc-1

各層での出力については、社内でも協議して対応を検討してまいりたいと思います。
貴重なご意見をいただきありがとうございます！

ご回答ありがとうございます。
電磁界Simulationを実施するために、各層毎にVIAを抽出し、3Dモデル化する事が必須となります。
Ansysy社HFSSへの3DモデルExportは可能ですか？検討していますか？
各層毎のVIAをDXF以外で抽出する方法はありますか？
　各層毎のVIA情報が抽出できないとQuadcept導入も見送らなくてはいけないほど重要な問題です。。。。
何か対応方法をご教授お願いいたいます。

お待たせいたしました！
DXF出力で各層毎にビアを出力できる機能を実装いたしました。
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リリース日：2014/07/31
バージョン：v7.0.0
概　　　 要：DXF出力の際に層間ビアを各層ごとで出力できるように修正しました。
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お時間あります時にでも是非お試しくださいませ。