お問い合わせいただきありがとうございます。

PCBでの部品をTop層からBottom層へ移動させる方法ですが、こちらは部品を【反転】していただくことで
Top層からBottom層（もしくはその逆）へ部品を移動させることができます。
方法としましては、対象の部品を選択状態で【右クリック】→【移動・回転・反転】→【反転】
もしくは対象選択状態でキーボード【M】押下で反転のショートカットとなります。

※オンラインマニュアルにも記載がございましたので、こちらもご参照くださいませ。
◆部品の回転と反転（配置面変更）について
http://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/post-20

以上お手数をおかけいたしますが、一度お試しいただけますと幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。