お問い合わせいただきありがとうございます。

IDF出力での部品領域形状についてご指摘の内容を確認いたしました。
申し訳ございません、仕様としてIDF出力された部品を「部品名」にて判断しておりましたので
同一の部品で複数のフットプリントを登録されている場合、異なるフットプリントをアクティブ設定にしていても
同一の部品として紐付けし、1つのフットプリントの部品領域が選択されておりました。

現状の回避策としては、sogabe_matrix様のおっしゃるように
各フットプリント毎に異なる部品名で部品登録していただくことで対処していただくこととなります。
お忙しいところお手数をおかけいたさいますが、こちらの方法にてご対応のほどお願い申し上げます。

しかしながら、「部品名」による紐付では今回ご指摘のような現象が発生しますので
IDF出力への今後の対応として「フットプリント名」による紐付けとなるよう改善してまいります。
出来るだけ早くに修正版をリリースできますよう尽力してまいりますので、今しばらくお時間いただきますこと何卒ご理解ご容赦くださいませ。

貴重なご指摘をいただきありがとうございます！
今後ともQuadceptをどうぞよろしくお願いいたします。

お待たせいたしました！
ご指摘の現象を修正したｖ6.1.12で改善させていただきましたのでご報告いたします。
ご連絡が遅くなっており申し訳ございません。
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リリース日 : 2014/05/23
バージョン : v6.1.12
概      要   : IDF出力への紐付けの問題を修正。
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お時間あります時にでもお試しいただけますと幸いです。
今後ともQuadceptをどうそよろしくお願いいたします。