お問い合わせいただきありがとうございます。
結線を任意色に指定した場合、設計指示結線として扱われる仕様となっております。
そのため、色を変更したあとの結線幅は、
上部メニュー【各種設定】>>【環境設定】の【System】>>【回路図】にあります
「表示」欄内【設計指示結線を太線で強調表示する】項目の指示に従うこととなります。

任意色を指定した上で、結線幅を変更する方法としましては
上記の【設計指示結線を太字で強調表示する】項目からチェックを外していただくか
この項目のボックスで数値を変更して、線幅を変更していただくこととなります。
以上お手数ですが、一度お試しいただけますと幸いです。