お問い合わせいただきありがとうございます。

印刷時にシルクを要素指定して出力する機能はサポートしておりませんのが現状です。
運用上での方法となりますが、予めフットプリント作成の段階で
それぞれのシルクを「層種類」ごとにライン/ベタ/Ref文字と分けていただくことで
※層種類を追加して「Silk_ベタ」「Silk_Ref」などに分けていただくと良いかと思います。
※層種類を追加した状態を初期設定として保存して、それをPCBの初期設定にも有効にします。
PCB配置後も任意の層のみを表示状態として印刷を実行すれば、その表示されているシルクのみを印刷することが可能です。

◆層設定（層の追加）について
http://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/post-12
◆初期環境設定について
http://www.quadcept.com/ja/manual/common/post-27
◆層ウィンドウ（表示層切り替え）について
http://www.quadcept.com/ja/manual/common/post-8
◆PCB印刷（表示状態で印刷）について
http://www.quadcept.com/ja/manual/pcb/pcb-2

以上お手数をおかけして恐縮ですが一度お試しいただけますと幸いです。
どうぞよろしくお願いいたいます。