ご指摘ありがとうございます。
部品配置にて部品を同一座標に重ねた置いた場合に、部品交換のメッセージが表示されない現象を確認いたしました。
(シンボルの上に部品を置く場合は動作しております。)
申し訳ございません。次回リリースにて改善させて頂きます。

少しずらして「既に部品があります。置き換えますか?」ダイアログが表示された状態で部品交換を実施して頂きましても、
配置部品の座標は維持したまま部品を交換することができますので、取り急ぎこの方法にてご対応お願いいたします。

待たせいたしました!!
ご指摘の現象を修正したｖ6.1.7をリリースさせていただきましたのでご報告いたします。
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リリース日 : 2014/03/27
バージョン : v6.17
概      要   : 同座標にシンボル配置した時に部品交換されない問題を修正。
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お時間あります時にでもお試しいただけますと幸いです。
今後ともQuadceptをどうそよろしくお願いいたします。