お問い合わせいただきありがとうございます。

確かにMCUやFPGAの場合、シンボルパターンをオルタネート登録するのは困難ですね。
ご不便をおかけして申し訳ありません。

開発と協議しました結果、ピンのオルタネート機能を追加する方針となりました。
しかし、この機能開発には時間がかかりますため
まずは、配置後のシンボルのピン交換機能を、2月に予定しております
次期メジャーバージョンアップ（Quadcept2013）にて追加させていただきます。
もうしばらくお時間くださいませ。

貴重なご意見をいただき、ありがとうございます。  

ご検討いただけるとのこと、ありがとうございます。
期待しております。

[ピン交換機能について]
対応バージョンをリリースさせていただきました。
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リリース日：2013/02/28
バージョン：v4.0.0
概　　　 要：配置後部品のピン交換機能に対応しました。
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お待たせいたしました。
以前にご回答させていただきましたように、ピンのオルタネート機能に先立ちまして
まずは、配置後部品のピン交換を機能追加させていただきました。
交換の手順を下記にてご案内いたします。
 1. 回路図上に配置しました部品の交換したいピンを選択状態にします。（複数選択可）
　　※この時【フィルタ】（上部メニュー【編集】>>【フィルタ】もしくは、ショートカット「F」）を
　　　 ご使用いただくとピンのみを選択しやすいかと思います。
 2. 右クリック【ピン交換】を選択いただき、交換したいピンを選択いただき【OK】
以上の手順でピン交換を行うことができます。
お手数ですが一度お試しいただけますと幸いです。

ピンのオルタネート機能につきましては
できるだけ早い段階で機能追加できますよう尽力してまいりますので
お時間いただけますようよろしくお願いいたします。

ご案内いただいたように試してみたのですが、ピンの選択ができません。フィルタを設定してのピンの選択ができないため先に進めないという状況です。フィルタはピンだけを有効にしてだめだったので、いくつか組み合わせを変えてもみましたがだめでした。何か手順で抜けているようなことはありませんでしょうか？

ありがとうございました。
できました。