お問い合わせいただきありがとうございます。

マークの作成ですが千葉様のおっしゃるように作成していただければ、ガーバー出力もできますので問題ないかと思います。
気になる点としましては、参照名を非表示にしていると思いますので、【MRC】において「Reference表示違反」にはなりますが、
こちら確認していただいた後、対応として「承認済み」にしていただければ良いかと思います。

配置したフットプリントを拡大縮小して配置する機能については
回路図側には【部品サイズ変更】機能としてあるのですが、PCB上での機能としては、開発中となっております。
現在仕様の検討など進めておりますので、もう少々お時間いただきますこと何卒ご容赦くださいませ。
それまでは、お手数ですが各種大きさを作成していただきご対応をお願い申し上げます。

また、フットプリントの配置時に層種類変更については登録のフットプリントの編集となりますので
フットプリント作成の段階で、対象の「層種類」をレジスト層、銅箔層などに設定したフットプリント（アイコン）を各種登録して
基板の仕様によって、それらを配置してくださいませ。
※フットプリント作成画面上で、シルク層にある塗り図形を選択して左側「プロパティ」ウィンドウの【層種類】
　もしくは対象を【ダブルクリック】→【層種類】を変更することで、配置の層を変更した各フットプリント（アイコン）を作成できます。

まだまだ進化を続けているところですので、現段階では全てを満たしてはいない部分もございます。
Quadceptを使っていただく皆様にとって、より便利に、より快適に業務を行っていただけるよう全力を尽くしてまいります。
今後ともQuadceptをどうぞよろしくお願いいたします。