お問い合わせいただきありがとうございます。

PCB設計途中で層数変更を行い、すでに設計が進んでいる既存の層にあるオブジェクトを層移動する方法ですが
上部メニュー【編集】>>【層間移動】を使うことで移動させることができます。

 1. デフォルトでは画面右側に配置しております「層」ウィンドウにて、移動させたい既存の層のみをを表示状態にし
     移動させたいオブジェクトを選択状態にします。
※層表示の切り替え方法はオンラインマニュアルにも記載がありますので、こちらをご参照いただけますと幸いです。
　■表示層の切り替えについて
　http://4cept.com/ja/manual/pcb/post-124
※上部メニュー【編集】>>【フィルタ】（キーボード「F」でショートカットキー）を使用すると
　 ドラッグの範囲選択で選択したい対象のみを選択状態にできますので便利かと思います。
　フィルタについてはオンラインマニュアルにも記載がありますので、こちらもご参照いただけますと幸いです。
　■フィルタ機能について
　http://4cept.com/ja/manual/pcb/post-78
 2. 対象を選択できたら、上部メニュー【編集】>>【層間移動】を選択します。
※右クリック>>【移動・回転・反転】>>【層間移動】からも可能です。
 3. 「層間移動」ダイアログが開きますので、『移動先層』のタブを開いて、移動先の層を選択します。
 4. 今回は移動のみですので『コピーを作成する』にチェックは入れずに、【移動実行】を押下します。
 5. 選択されていた対象が層移動しますので、表示層の設定にて移動先の層を表示状態にして、対象の移動を確認します。

以上の方法でオブジェクトの層を移動させることができます。
こちら層間移動についてはオンラインマニュアルに記載がございますので、こちらもご参照くださいませ。
■層間移動について
http://4cept.com/ja/manual/pcb/post-75

お手数をおかけいたしますが、一度お試しいただけますと幸いです。
以上どうぞよろしくお願いいたします。