たとえば下記の手順を実施します。
1.SingleSideSamplesを開く
2.IC1のJRC4558Dのスワップを
　ピン5 SWAP/B/1 -> SWAP/B/3,ピン7 SWAP/B/3 -> SWAP/B/1　に変更します。
3.ツナギ図、パタン図ともに部品更新を実施する。
4.パタン図で、IC1のグループスワップを行い、1,2,3 <=> 7,6,5を入れ替えます。
5.ツナギ図から差分比較を実施し、バックアノテーションします。
6.すると、IC1/A,IC1/Bの周辺が分断されて、ネット名で接続された状態となるので
　IC1/AとIC1/Bの位置をうまく入れ替えて、同じネット名のネットを接続する。この段階で、差分比較はなし。
7.次にネット名を削除すると、差分が発生する。

Q1　ここまでの動作として、バックアノテーションの際に単純に、IC1のゲートA,Bが入れ替わるだけになると
一番良いと考えます。
Q2 また、ネット名で分断された状態になったとしてもこれらを接続して見えなくしようとすると不一致になるのも
　いかがなものかと考えます。ネット名なしで比較するチェックボックスがあってほしいです。
　それで一致した場合、ネット名を再びフォワードアノテーションできるともっと良いと思います。