お問い合わせいただきありがとうございます。

申し訳ございません、バージョンアップに際してのショートカット設定については
新たに機能追加した項目を設定に加えるために上書きの処理を実行しているのが現状です。

再設定していただく方法としては、YOSHIKAWA様のおっしゃるように
以前のバージョンで「設定保存」していただいている設定を、バージョンアップした後で
「設定読み込み」していただくのが容易な方法となります。
※この場合、新たに追加された機能については、読み込んでくる設定がないため
　 操作の設定のない状態となります。
　 ショートカットやリボンのアイコンに任意で設定を割り振っていただく必要がありますことご注意くださいませ。

バージョンアップの際における設定の上書きに関しましては
社内でも以前より議題に上がっており、今後の対応について検討しておりますので
今しばらくお時間いただきますこと、何卒ご理解ご容赦いただけますようよろしくお願いいたします。

貴重なご意見をいただきありがとうございます！

設定保存していなかった場合はどうなるでしょうか？
C:\Users\*\AppData\Local\Quadcept\Quadcept\UserData\Caches
にzipファイルがありここに旧データがバックアップされているのではありませんか？
これらを使って戻す方法はありますか？

旧データのバックアップについてですが
YOSHIKAWA様のおっしゃる
C:\Users\*\AppData\Local\Quadcept\Quadcept\UserData\Caches
にあります『default.db』とは別に
C:\Users\（ユーザ名）\AppData\Local\Quadcept\Quadcept\Application\Current\env\Caches\〇〇〇〇
にもzipファイルにて『setting.qconfig』という旧データがバックアップされております。
　※こちら「スタート」メニューの【Quadcept】>>【右クリック】>>【プロパティ】から
　　「ショートカット」タブの【ファイルの場所を開く】を実行いただくと『Current』フォルダに移動しますので
　　そこから\env\Caches\〇〇〇〇に進んでいただくと簡単に辿り着けるかと思います。

『setting.qconfig』は「環境設定」と「ウィンドウレイアウト」を保持しており
『default.db』は「その他各種データ」を保持しております。

ですので、設定保存をされていなかった場合には
『setting.qconfig』のzipファイルを弊社にお送りいただけましたら
こちらで【Quadceptファイル入力】可能なqcomファイルへと変換しましてお届けいたします。
このqcomファイルにて設定を戻すことができます。

ユーザ様のお手元でそのまま戻すことが出来ず、お手数をおかけしてしまいますが
現状ではこのような方法を取らせていただいております。
今後はこれらの対応についても含め、
バージョンアップに関わる設定の変更について検討してまいります。

どうぞよろしくお願いいたします。