お問い合わせいただきありがとうございます。 
ご回答が大変遅くなりまして誠に申し訳ございません。 
お待たせいたしました！

＞1）“Test_Pad”の部品領域が正方形となっていることについて   

添付資料及びデータをお送りいただきありがとうございます。   
まず、フットプリントにて設定されております Top層『Assembly』に配置された「円形」についてですが 
こちら層種類『Assembly』に“ライン”や“円”などで作図された図形は 「部品領域」ではなく、「部品の正式外形ライン」となっております。 
※実際の部品の外形を表しているものです。
 
「部品領域」の設定（作成）につきましては、
フットプリント作成時に 上部メニュー【PCB設計】>>【部品領域】>>【多角形or矩形or円 部品領域】 を選択して作成していただきます。 
※作図操作リボンにも【多角形or矩形or円 部品領域】のアイコンがあります。   

また、「部品領域」の設定がされていない場合には自動的に部品領域が 作成されることになります。
この領域は『シルクとパッドの最大外形』の 位置を基準として作成されます。  
しかしながら、層種類『Assembly』にて「部品の正式外形ライン」が 設定されている場合、
『「部品の正式外形ライン」の最大外形』の位置を 基準として作成されます。 
※「部品領域」の作成のされかたについては添付資料もご参照いただけますと幸いです。     

今回の場合ですと “層種類『Assembly』にて「部品の正式外形ライン」が設定されており 　
この最大外形を基準に【自動的に部品領域が作成】された結果として正方形の「部品領域」となっております。”   

※PCB設計の層については下記オンラインマニュアルの「色設定」にも内容が記載されておりますので
お時間あります時にでもご参照いただけますと幸いです。 
■http://4cept.com/ja/manual/pcb/post  
※部品領域の設定についてはこちらもご参照くださいませ。 
■http://4cept.com/ja/manual/common/post-249     

ですので修正としましては 
 1. 該当部品のフットプリント“Test Pad”に対して上部メニュー【PCB設計】>>【部品領域】>>【円部品領域】を使用して 　　
　　「部品領域」を作成し上書き保存します。 
 2. 該当のPCBシート（頂いたデータのシート名称ですと“Pcb_131117”）を開いていただき、
　　上部メニュー【プロジェクト】>>【部品更新】を選択します。 
 3. 「部品更新」ダイアログが開きますので“更新対象”に【PCB】を選択、“更新対象オブジェクト”に【形状】を 　　
　　選択して、【OK】を実行してください。   

以上の操作でフットプリントで行った編集内容（部品領域の作成）が PCB上の部品に反映されますので、
任意の部品領域（今回ですと円）へと 更新することができます。  

※部品更新につきましてはお時間あります時にでもこちらご参照いただけますと幸いです。 
■http://4cept.com/ja/manual/pcb/post-40     

お手数ですが一度お試しいただけますと幸いです。


＞2）エラー番号22～24について 
こちらの部品クリアランスエラーにつきましては配置されております“CN5”の部品領域内に
“C30”“R5”“R6”が 入ってしまっているために発生しております。   
“CN5”の部品領域に関しましても、先の1）と同様にフットプリントにて 層種類『Assembly』にて「部品の正式外形ライン」が設定されており 
この最大外形を基準に【自動的に部品領域が作成】されておりますので、こちらを任意の形状に作成いただくことで解消いただけます。
※「部品領域」は図形分割できませんので“多角形or矩形or円”の形状で作成してくださいませ。   

お手数ですがこちらもお試し頂けますと幸いです。   

今回の上記2つにつきまして修正を行うのが手間でありましたら 原因が判明した上で、
設計上問題ないと判断されます場合には エラー項目を【承認済み】にしていただいても構わないかと思います。     

何かご不明な点などございましたらお気軽にご連絡くださいませ。 以上どうぞよろしくお願いいたします。