お問い合わせいただきありがとうございます。
配線の等長化につきまして、弊社でも確認しましたところ、現象の再現ができていないのが現状でございます。

そこでご確認いただきたいのですが、
上部メニュー【PCB作成】>>【配線長チューニング】>>【配線の等長化】については
【各種設定】>>【DRC/MRC設定】>>【配線長/等長配線】において
『詳細設定』タブにて設定された内容（今回ですと「許容差のみ指定する」「許容差 ±1.00」）を
各ネットクラスに『アサイン』タブにて設定することで
該当するネットクラスに属するネットを持つ配線に対して、実行するものです。
（※最初は設定名称「DefaultSetting」しかありませんが、【追加】して設定を分けていくことができます。）
■ネットクラスについてはこちらをご参照くださいませ。
http://4cept.com/ja/manual/pcb/post-100
■配線長/等長配線の詳細設定についてはこちらをご参照くださいませ。
http://4cept.com/ja/manual/pcb/post-101

【配線の等長化】は該当するネットを持つ配線の中で、“最も長い配線を基準”に等長化を行います。
今回、oshiro様が【配線の等長化】を実行された際に
「長い配線も更に長配線化されてしまった」ということですが、
それは該当のネットクラスに属するネットを持つ配線の中で、“最も長い配線”もさらに長配線化されてしまったということでしょうか？

お忙しいところ、お手数をおかけしてしまい恐縮なのですが、一度ご確認いただけますようよろしくお願いいたします。

現在の設定や実行前後の画面を添付ファイルに記載しました。
推察するに周りに、これ以上実施できる領域が足りないものと思われます。
「配線長チューニング」（別投稿済み）も、同じ原因でしょうか、うまく動いてくれません。
領域を空けたり、いろいろやってみますが、アドバイスあればお願いします。

ご連絡いただきありがとうございます。
また添付資料をお送りいただきありがとうございます。

添付画像を確認させていただきました。
oshiro様のおっしゃるように、等長化しようとしている配線の周囲に
波形を形成するスペースがないのが原因かと思われます。

しかしながら確かに左下の配線については、まだ左側に広がるスペースがあるように思えます。
そこで、弊社でも原因の調査、改善を行わせていただきたく
もし可能であれば、該当のデータを下記アドレスまでお送りいただくことはできませんでしょうか？
■　Mail　：　support@4cept.com

データの受け渡しに関しましては、下記手順にて出力を実施することで可能です。
Quadceptファイル出力について
 1. 【ファイル】>>【出力】>>【Quadceptファイル出力】を選択してください。
 2. 保存先を「…」をクリックして選択し、任意の名称をつけて【保存】をクリック。
 3. 「すべてのオブジェクトを出力」にチェックを入れた状態で【OK】を選択。

データの受け渡しについては、オンラインマニュアルにも記載が ありますので、
こちらもご参照頂けますと幸いです。
■Quadceptファイル出力
http://4cept.com/jp/manual/common/2012/04/quadcept.html

お忙しいところ恐縮ではございますが、ご検討いただけますと幸いです。
※頂戴したデータは本件以外で使用することは一切ございませんのでご安心くださいませ。

お願いばかりとなり、お手数をおかけいたしますが
oshiro様のお力になりたく思っておりますので
どうぞよろしくお願いいたします。