書き方がおかしかったので、追記です。
ピン番号は別表記(B1等)にしています。

お問い合わせいただきありがとうございます。

穴データ（ボスや部品固定用のネジ穴等）の作成についてですが、miyahide様のおっしゃる通り
現状では、パッドをThroughで各層「Electric」の形状を【None】にしていただき
（「Solder」は形状【ImitationPad】設定で問題ありません）
ピン番号は別表記にしていただくという対応となっております。

こちらにかかる手数を減らす方法としましては、
穴径を設定するのみで配置できる『取り付け穴』オブジェクトを用意するという方法になるかと思います。
上記のオブジェクトにつきましては、以前より弊社内でも要望として上がっており
今後、機能追加してまいりますよう検討しておりますので
もう少々お待ちいただけますようよろしくお願いいたします。

それまでの間、お手数をおかけして恐縮ですが
現在行っていただいておりますパッドでの形状設定にてご対応いただけますよう
どうぞよろしくお願い申し上げます。

貴重なご意見をいただき、ありがとうございます。