お問い合わせいただきありがとうございます。
いただきましたような内容の設定はサポートしておりませんのが現状です。
現在構成の見直しを含めシステムの構築をしておりますので
上記の内容につきましても、開発とも協議し検討させていただきたいと思います。
もうしばらくお時間いただきますことになりますが
どうぞご理解ご容赦いただけますようよろしくお願いいたします。

現状に関しては理解しました。
とりあえず、旧バージョンに戻す必要が無ければ個別に削除しても問題ないでしょうか。
レジストリ(HKEY_CURRENT_USERとHKEY_USERSだけですが)を見ても最新版しか登録されていないようですので。

miyahide様のおっしゃるように
「ユーザー\AppData\Local\Quadcept\Quadcept\Application」にあります旧バージョンのデータは
削除していただいて問題ございません。
※「Current」が使用」されておりますのでは、「Current」は削除しないでくださいませ。
お手数をおかけいたしますが、以上よろしくお願いいたします。

現状ではそのように対応します。
今後は設定などで旧バージョンを削除出来るようになる事を期待します。