度々の投稿、失礼致します。

　タイトル通り、ロジックICをコピー＆ペーストすると、Reference番号が繰り上がってしまいます。
　これだけ見れば当たり前だと思われるかもしれませんが、そうではないのです。
　結論から申し上げますと、複数ゲートのあるロジックICに於いて、あるゲートをコピー＆ペーストすると、ゲート番号だけでなくReference番号も一緒に繰り上がります。

　具体的には、例えば74xx00であれば、NANDゲート x 4 + 電源・GNDラインで1部品に5個（A～E）、74xx04であれば、インバータ x 6 + 電源・GNDラインで7個（A～G）のシンボルを部品として登録します。
　回路図シート上で部品を選択し、最初のゲート『U1/A』だけを置き、これをコピー＆ペーストすると、『U2/B』として設置されてしまい、その後も『U2/C』・『U2/D』と続き、同種別部品として設置されます。
　Reference番号の統一を図ろうとReference番号の修正をかけると、別部品として扱われているため、Reference番号の入替をするかどうかを問うメッセージが出現し、ここで「いいえ」を選択しても当然同種別部品としての扱いのため、Reference番号が一緒なだけの同種別部品となります。
　これは未使用ピンのチェックがあるか否かで確認が取れました。

　実際、何のためにこのやり方をするかというと、属性文字の書式や位置を統一するためです。
　通常であれば、部品選択で最初のゲート『U1/A』を設置し、『U1/B』・『U1/C』…と連続的に設置していけば、Reference番号の繰り上がりは起きませんが、74xx04であれば6つのゲート1つ1つ属性文字の書式を変更するのは多少手間がかかります。
　コピー＆ペーストを使用すれば、反転/回転を掛けると属性文字の位置は変わってしまいますが文字フォント設定は残っており、また大抵の場合は同じ方向に向けて設置しますので、さほど手間ではありません。（但し電源・GNDラインは、別シンボルためか適用されませんが）
　最近はPCBシートの方ばかり触っていたので、いつ頃からこの現象が発生していたのか分かりませんが、少なくともV9.1の時点ではコピー＆ペーストで繰り上がりは起こらず『U1/B』・『U1/C』…と連続的に設置することは出来ていたと記憶しております。

　当面の対応策として、コピー＆ペーストではなくカット＆ペーストを使用すれば回避出来ることを確認しています。

　前回の質問の時点でこの現象も投稿できれば良かったのですが、別件の上詳細な現象を把握し切れていませんでしたので投稿が遅れてしまい、二度手間になること、大変申し訳ありませんでした。
　そちらで同一の現象が再現されるか、是非ご確認いただける様お願い致します。