自己フォローです。
3.は普通にできますね。しかし今のところのリファレンスの位置が制御できないので、一旦調整してからコピーする方が
効率的かと思い、1,2の試行をしています。まあフィルタ機能を使って纏めてリファレンスを選んで一括設定する方法は
もありますが。

またまた自己フォローです。
4.とても不可解のことを見つけましたので解説をお願いします。
再現手順(添付にも記載)ですが、
(1) 3ゲートある部品のゲートAだけを配置する
(2) 一旦配置モードを抜けて再び配置モードで同じ部品を配置しようとする。
(3) RefereceをRY2->RY1,ゲートをA->Bに変更して配置しようとする。
(4) 配置した結果RY1にはならずRY2/Bになる。
(5) ReferenceをRY1->RY2にすると、RY1/A->RY2/Aになる。そのままRY2,Cを配置する。
(6) ERCを実行すると、一見RY2で統一されていて問題なさそうに見えるが、エラーが発生する。
 ・Reference重複違反 RY2/A
 ・Reference重複違反 RY2/B
このことから推測されことは、表面上表示されているReference以外に内部的にReferenceを関連づける何かを持っていて
それらが異なるのに、Referenceが同じであることを持って重複違反を検出しているのでは？

5.先の(5)で配置中にプロパティのReferenceを変更すると、すでに配置された部品にも影響があるのはどういうわけでしょうか？
これを避けるために、(2)のように一旦配置モードを抜けて再度配置するようにするとこれはこれで違うものと認識されるという不整合に
陥ってしまいます。

お問い合わせいただきありがとうございます。

1.について、たしかにゲートを変更する際に、ゲート番号の入力で変更できると便利ですね。
2.につきましても、相対移動のコピーでレファレンスの違う部品が増えるのではなく
ゲート番号で増やすことができると便利に使用できそうです。
こちらの機能については開発とも協議させていただき、今後の対応を検討していきたいと思います。
3.については自己解決されたとのこと、ありがとうございます。
上記1.2.ができるようになれば、リファレンスも毎回調整することなく、ご使用いただけると
思いますので、機能追加できますまで、もうしばらくお待ちくださいませ。

貴重なご意見をいただき、ありがとうございます。

お問い合わせいただきありがとうございます。

> このことから推測されことは、表面上表示されているReference以外に内部的にReferenceを関連づける何かを持っていて
> それらが異なるのに、Referenceが同じであることを持って重複違反を検出しているのでは？

 ご指摘の通りの動作です。
表面上のReferenceと別に、内部的には「部品インスタンスID」を保持しておりまして、そちらをもって同一部品を識別しております。
「部品インスタンスID」をQuadceptに表示することも検討しておりましたが
明示的に変更し重複を作らない限りReferenceをもって同一部品を識別できる点と、
「部品ID」「シンボルID」とID表記が多くなり理解する上で障害になり易い点や
部品インスタンスIDを意識せずとも使って頂ける操作感を提供したい。
といった考えから現在は表示を行っておりません。

代わりに、部品インスタンスIDが同じ部品は、次の通り選択状態が変わりますのでこちらで判別して頂けます。
青い〇で囲まれているのが今回の操作上で同じインスタンスIDの部品です。


部品配置は、直観的に操作できるようにと考えておりましたが混乱させてしまっているようですね。
なるべく良い形になるようこれからも改善させて頂きます。

現在の動作仕様ですが、Quadceptでは2種類の配置モードが有ります。
　A.部品IDを起点に空きゲートを探して配置するモード
　B.部品インスタンスIDを起点に空きゲートを探して配置するモード

■ A. 部品IDを起点に空きゲートを探して配置するモード
 右ウィンドウや、部品配置ダイアログから行う配置方法です。
 これから配置しようとする部品IDと同一の配置済み部品をプロジェクトから検索し、　
 その中で配置対象のゲートが空いていれば、その空きゲートを使用して配置するモードです。　　
 １ゲート配置する度に、部品IDとゲート番号から紐付く空きゲートを検索します。

■ B. 部品インスタンスIDを起点に空きゲートを探して配置するモード　
 単体でゲートをコピー＆ペーストした状態の配置モードです。　
 コピー元の部品（部品インスタンスID）の中で、空きゲートを検索し使用する配置モードです。　
 見つからなければ新規部品配置となります。　

私見ですが、Aの配置方法でゲート変更した場合に空きゲートを探さないので動作が分かりにくくなっているように思います。
一度こちらの内容で動作を確認頂けますでしょうか。なるべく良い形になるよう見直します！

6.Aが普通に右ウィンドウや、部品配置ダイアログから行う配置方法だとすれば、私が先に示した例の(2)で
配置しようとしたときに、RY1の空きゲートを検索できず、RY2を配置しようとした理由はなんでしょうか？

７　私が過去に経験したCaptureソフトウェアはこのゲート、リファレンスに関しては完全に管理して配置段階から
矛盾が内容にするタイプ(ex. DesignSpark PCB) か、自由にリファレンスやゲートを編集でき、矛盾した
編集も可能だが、コンパイル時にエラーとなるもの（ex.cadence Concept) の2通りでした。
　しかしQuadceptはどうでしょう。どちらかというと前者ですが、そうだとしたら配置段階で、
操作ミスなどにより矛盾する構成を許してしまうのはいただけません。また、空きゲートが一覧になっていて
そこから配置できるのでなければ、結構面倒です。たとえばDesignSpark PCBでは、F9を押したときに
表示されるComponent binというタグに空きゲートの一覧が表示されていて、ここから簡単に配置できます。
　それに対してQuadceptでは、空きゲートがある部品インスタンスを探してコピーしてから貼り付けなければなりません。
８　あるいは後者の方式となって自由に編集できるようにするのも良い方法だと思います。エラーがなくなるまで
単に修正していけばすぐに正常な状態となるでしょう。

９．ゲートをコピーして貼り付ける際に、ゲートを変更できるようにしてもらえませんか？
　新規に配置するときには、CTRL-SPACEでゲートできるのに貼り付け時には、
　このメニューは右クリックでも表示されていません。

ご連絡いただきありがとうございます。

6.につきましては、Aが新規部品配置の動作となっております。
これはゲートAを配置する動作となるため、今回はRY1/Aが存在しているので
インクリメントされてRY2として呼び出され配置されております。

9.につきましては、コピー＆ペーストの際に【Ctrl+Space】もしくは【右クリック】で使えないことを確認いたしました。
こちらコピー＆ペーストの際にも、これらの操作ができますよう改善してまいります。

7.8.につきましては、上記6.9.の内容なども含めまして
今一度、ゲート部品に関します動作全般について
開発とも協議させていただき、見直しを検討してまいりたいと思います。
少しお時間をいただくとは思いますが
何卒ご理解ご容赦いただけますようよろしくお願いいたします。

貴重なご意見ありがとうございます。

6についてです。
　確かに、ゲートBを最初に配置した状態から再度配置した場合は、同じリファレンスでゲートAが配置できました。
でもゲートAが配置されている状態で、ゲートBをはじめから配置しようとする方法が分かりませんでした。
回路図作成の部品でシンボルグループからゲートBを選択してから、OKしてもゲートAを配置しようとします。

お問い合わせいただきありがとうございます。

現状では新規配置を行う際には、もっとも若いReferenceのAゲートを配置する動作をとる仕様となっております。
そのため、先にあるのがRY1/Bであれば、RY1/Aが配置できます。
しかし、RY1/Aがすでにある場合、新規配置されようとする部品はRY2/Aとなります。
その時に、プロパティウィンドウでゲート番号を「B」に変更した動きについては有効なので、
結果としてRY2/Bとなってしまいます。

現状の仕様となっておりますこの動作も含め、配置したい部品のゲートを配置できるように
改めまして動作を検討していきたいと思いますので
今しばらくお時間いただけますよう、よろしくお願いいたします。

現時点で、同じような作業をしているのですが、今度は部品配置時にリファレンスを指定できなくなっています。
一旦配置してから、属性変更するしかありません。
これの意図はなんでしょうか？
リリースノートを見ましたがどこから変わったのか良く分かりませんでした。

お問い合わせいただきありがとうございます。
いただいておりました内容について確認いたしました。
申し訳ございません、こちら弊社の意図した動作をしておりませんでした。
配置時にリファレンスの指定ができますよう修正してまいりたいと思います。
ご指摘いただきありがとうございます！

9.のコピーペースト時にゲートを指定できる機能は、難しいのでしょうか？
出来れば早く対応してもらいたいです。

対応が遅くなっており申し訳ございません。
現在、9.のコピーぺーストを含め、その他ご要望いただいている内容など回路図のゲート部品周りの処理について
一番使いやすい操作性を目指して、社内でも協議、検討を重ねながら対応を進めております。
非常に複雑な仕様が関わる部分でもありますので、すでにお待たせしているところ恐縮ではございますが
今しばらくお時間いただきますこと何卒ご理解ご容赦くださいますようお願い申し上げます。

どうぞよろしくお願いいたします。

いまだ改善されていませんが、いつごろ対応されるのでしょうか？

大変お待たせしており申し訳ございません。