お問い合わせいただきありがとうございます。

結線を任意色に指定した場合、『設計指示結線』として扱われる仕様となっております。
そのため、色を変更したあとの結線幅は、
上部メニュー【各種設定】>>【環境設定】の【System】>>【回路図】にあります
「表示」欄内【設計指示結線を太線で強調表示する】項目の指示に従うことになります。

結線に任意色を指定した上で、結線幅を変更する方法としましては
上記の【設計指示結線を太字で強調表示する】項目からチェックを外していただくか
この項目のボックスで数値を変更して、線幅を変更していただくこととなります。

以上お手数ですが、一度お試しいただけますと幸いです。

確かに見た目はそれでもとに戻ったのですが、またそのチェックを付けると0.4mmになることから、明らかに、
一度色を変えたネットは他と違ってしまっています。色を指定しなかった状態に戻そうと、「環境設定色」
を選んでもやはり色を指定した状態となってしまっています。見た目は同じでも明らかに内部的に
異なるので、戻す方法があるべきではありませんか？

ありました。
Project.CircuitのPCB設計指示のネット指示で該当するものを選んで削除することができました。