ラッツネットが伸びているパッドでも、サーマルパッドが形成されない物があります。
ベタを削除した状態でDRCチェックを行うと、同じネットとして認識されています。
ベタを削除後にQuadceptを再起動して、再度動的ベタを作成しましたが同じ状態でした。
パッドではなくベタとして認識されているように思われます。

サーマルパッド不良の現象が起きないパッドは
バックアップデーターリストア後にフットプリントを削除してアノテーションで復活した物と
そのパッドと直接配線がつながっているパッドです。
それとリストア後、位置を変えたパッドもサーマルパッドが正常に形成されています。
　
動的ベタを削除後サーマルパッド不良が出るフットプリントも削除して
アノテーションを実行し、再配置、動的ベタの形成を行いましたが駄目でした。
正常にサーマルパッドが形成されているパッドと直接配線をつなげてみましたが駄目でした。
　
パッドの周りをベタのカットアウトで動的ベタを切り取り
パッドとベタを配線でつなげれば上手くいきDRCも通りますが
不具合が解消された後に問題が起こるか心配があります。
・・・現在の対象方法はこれしかない模様です。

結局、【DRC/MRC設定】-【DRC設定】-【ルール確認】-【動的ベタ接続】-【詳細設定】
【SMD】と【Through】の接続設定がパッドの種類によって【ベタ】接続になっていました。
V9バージョンアップ前にはサーマルパッドが形成されていたので、
バージョンアップによって変更されてしまった可能性が高いと思います。
　
それと、どのタイミングで行ったか忘れましたが【P板.com専用デザインルールファイル】を
サイトの手順で読み込んでいるので、そのときに設定が変化したかもしれません。
・・・念のためと行った作業でしたが、アダとなってしまったかもしれません。
サイトurl：http://www.p-ban.com/gerber/quadcept.html
　
過去に同デザインルールを適用していますが、
サーマルパッドの接続設定はいじった記憶は無いので
何が悪かったのか原因不明ですが、設定による現象と分かり良かったです。
再度デザインルールを読み込んでテストしたいのですが、
設定を戻すのが大変なので検証はやめておきます。
　
お騒がせしてすみませんでした。

対応できたので解決済みにしましたが、何が原因か不明です。
出来れば、御社で原因を究明していただけると幸いです。

Version9.0.0.0のリリースノートで
『DRCの初期設定を見直しました。』となっていますが、これが原因でしょうか？
このような挙動になるなら、もう少し詳しい説明がほしい気がします。

ご自身で対応できたとのことありがとうございます。

途中で【P板.com専用デザインルールファイル】を読み込んで いただいたとのことですが、おそらくこちらが影響しています。
上記設定ではベタの接続設定が【ベタ】接続になっておりました。
その後にベタの更新が実行されたために接続方法が変わってしまったものと思われます。
※設計途中でDRCの設定を変更される場合は、ご注意くださいませ。

Ver9.0でのDRC仕様変更につきましては、あくまで初期設定の変更で 既存データのDRC設定を変更するものではございません。
新規作成のPCB作成シートを行った場合の設定値となります。
こちらも、もし既にユーザー様が任意で設定をされている場合には影響ございませんので、どうぞご安心下さいませ。