ご連絡いただいてから、サンプルデータを作成し、動作確認を行ってみました。

パネルデータの捨て基板部分に動的ベタを作図してガーバー出力を試してみたのですが、問題無くガーバー出力が出来てしまいました。

念のため、その時使用したサンプルデータとガーバーデータを添付いたします。

お手数おかけいたしますが、一度添付のデータを使ってガーバー出力をお試しいただけないでしょうか？
大変お忙しいとは思いますがお試しいただけましたら幸いです。

以上、よろしくお願いいたします。