protel99se_sp6 様のおっしゃるように、結線には自動的にネットを割り振っておりますので、

結線を切り取り配置するなどすると接続が繋がっていない別の結線として別ネットが付与され配置されます。

また、その別ネットを持つ結線を移動して別結線に繋ぐと任意のネットを持つ結線を繋いだものとして上書きされております。

ネットの上書きや変更が行われずに、結線を繋ぎ直すのであれば

おっしゃられるように仮置きから移動させるのではなく削除して引き直すか、

ラベルにて任意ネットを指定しておくことでご対応くださいませ。

どうぞよろしくお願いいたします。