パネル配置しているパネルの「参照先プロジェクト」につきましては

現状変更する機能をサポートしておりません状況です、ご意向にそうような回答とならず申し訳ございません。

対応方法としましては、パネルシートで対象のパネルを選択し【右クリック】→【パネル交換】を選択していただくと、

新たにパネルとするPCBシートを格納しているプロジェクトデータを選択することが可能です。

【パネル交換】することで「参照先プロジェクト」も代わりますので、こちらでご対応くださいませ。

ひとつのパネルを対象に上記を実行して進めていくと、

「同一パネルも交換しますか？」とメッセージされますので一括変更も可能です。

お手数ではございますが、一度お試しいただけますと幸いです。

以上どうぞよろしくお願いいたします。

十分に期待する結果が得られました。

今後とも宜しくお願い致します。