お問い合わせいただきありがとうございます。
いろいろとお試しいただいており、ありがとうございます！
お問い合わせいただいております3Dの描画について、弊社でも確認してみたのですが現象が再現できていない状況です。

操作としましては、
Top層で配線を引き開始：Top層 - 終了：L2層のビアを配置、L2層にて配線を引き開始：L2 - 終了：L3層のビアを配置、
L3層にて配線を引き開始：L3層 - 終了：L４層のビアを配置、L４層にて配線を引き開始：L４ - 終了：L５層のビアを配置、
L５層にて配線を引き開始：L５層 - 終了：Bottom層のビアを配置
上記の操作をPCB設計作成後、【３D描画】にて状況を確認、という操作でよろしかったでしょうか？

操作手順や状況など相違点がございましたら、お手数をおかけして恐縮ですがご指摘くださいませ。
また、もし可能でありましたらご指摘の状況が発生しているデータを下記アドレスまでお送りいただくことはできませんでしょうか？
■　Mail　：　support@4cept.com

※もちろん設計データが機密情報でありますことは、私どもも十分に認識しておりますので
　 いただきましたデータを本件以外に使用することはござませんのでご安心くださいませ。

お忙しい中とは思いますが、ご検討いただけますと幸いです。
いただいたデータにて現象を確認し社内にて原因の調査に全力を尽くしてまいります。
お手数をおかけして恐縮ですが、どうぞよろしくお願いいたします。