おそらく「形状：円」のパッドを【カスタマイズパッド】→【パッドカット】で分割されたものかと思います。

その場合、中央の分割位置がパッドの原点であるため、配線の引き込みによりご質問の状況となります。

上記の場合にはパッドの「スタック設定」にある『オフセットX』（カスタムの状況によっては『オブセットY』）に

パッドサイズにある数値を入力していただくことで、

パッドの原点と各層（Electric,Paste,Solder）のデータ配置位置を調整することが可能となっております。

（入力された数値によって各層のデータが移動します。）

参考画像を添付しておりますのでご確認くださいませ。

お手数ではございますが、一度お試しいただけますと幸いです。

また、ジャンパーデータの初期設定（サンプルデータ）はございますが、半月型のデータはご用意しておりません状況です。

こちらにつきましてはユーザー様にて作成していただけますようお願い申しあげます。

以上どうぞよろしくお願いいたします。

オフセットで意図通りのパッドを作成できました。

ジャンパー用のサンプルデータに関してもかしこまりました。